При использовании протокола POP3 вся ваша почта (из тех папок, которые вы укажете) будет скачиваться в папку «Входящие», после чего ее можно будет при необходимости разложить по папкам с помощью фильтров, настроенных в почтовой программе.

Если вы выберете протокол IMAP - почтовая программа будет не просто скачивать новые письма, а синхронизировать сразу всю структуру вашего ящика - все папки, как стандартные, так и настроенные вами вручную.